纳帕海自然保护区位于云南省迪庆藏族自治州的香格里拉县，在香格里拉县城城西北部。纳帕海自然保护区地势平坦，三面环山，冬夏季节，山岭积雪，纳曲河、奶子河等十余条河弯弯曲曲，流经草原注入纳帕海，总面积约31.25平方公里，海拔约3266米，湖泊积水面积约660平方公里。