沙坡尾避风坞的历史可以追溯到明代以前。早期的厦门港是一湾弧形的海湾，这一带海湾呈月牙型，金色的沙滩连成一片，故有“玉沙坡”的美称。
历史上又划分“沙坡头”与“沙坡尾”两个地段，分界线就是一条由碧山岩汇聚而下的溪流，溪流的出海口即在是现今沙坡尾避风港坞口的位置。