海坛总政兵署位于平潭旅游综合体——海坛古城内，是按照国家三级博物馆标准打造的以海防文化为主题的民办博物馆，其总展陈面积约3000㎡，馆内使用真实造景景、1比1蜡像、裸眼幻影成像技术真实呈现了明清时期的海坛海防与水师文化，实呈现海坛人民抗击侵略、抵御外侮的光荣历史。

前厅两侧厢房为【清代平潭名将画传】展区：所展出的所展出的二十位历史人物是从清代平潭籍百名水师将官中挑选而出，包括戍台名将詹功显、抗英忠烈江继芸、靖海功臣孙大刚等著名海军将领。总兵衙署为古代军机要处，前厅正堂为虎节堂，是总兵官议军务的重要场所。堂内完全遵循明代正厅的陈设规则，其中堂中地平为金砖所铺就金砖又称御窑金砖，古时专供宫殿等重要建筑使用的一种高质量的铺地方砖。因其质地坚细，敲之若金属般铿然有声，故名金砖。

室内战舰模型——13米长的赶缯战船复原船，为博物馆的主看点之一，与原船1:2比例就地建造的赶缯战船复原船，尖底、平头，总长13米，型宽4.5米为清前中期的官方主力战船。

二楼展区为海防辑要主题，通过实景布置、真人蜡像、仿真战船船舱、3D幻影成像、等技术生动真实展现海坛海防有关的十个经典大事件，如郑和下洋、军民抗倭、抗清复明、巡洋会哨、澎湖海战、海坛海战、军门巡阅、缉盗靖海、跨海戡乱、抵御外侮。另二楼展区还有有虚拟滨海悬崖景观—万丈深渊、结合声、光、电等多媒体技术还原激烈的海战的四大海战实景。以及高度还原一百多年前福船战舰内部的实景局的模拟船舱。

三楼展区为戍台守疆主题，本区域主要讲述海坛镇水师经历了两百多年的发展在其水师文化在我国沿海形成了独特的人文景观。由名家打造的长约十米的平潭“八提督、十二总兵”合集漆画、高3米的詹功显铸铜骑马像等干水师总兵雕像、画像及相关文物展示。其中3楼展区还通过裸眼3D幻影成像技术讲述了中国古代一个非常重要的对台措施——班兵戍台。