开元寺布局，中轴线自南而北依次有：紫云屏、山门（天王殿）、拜亭、大雄宝殿、甘露戒坛、藏经阁。东翼有檀越祠、泉州佛教博物馆（弘一法师纪念馆）、准提禅院；西翼有安养院、功德堂、水陆寺；大雄宝殿前拜亭的东、西两侧分置镇国塔、仁寿塔两石塔，俗称东西塔。

拜庭两旁古榕参天，大雄宝殿雕塑技术高超，尤其是粱槽间的24尊飞天乐伎，在中国国内古建筑中罕见。殿前月台须弥座的72幅狮身人面青石浮雕，殿后廊的两根古婆罗门教青石柱，同为明代修殿时从已毁的元代古印度教寺移来。大殿内用近一百根海棠式巨型石柱支撑殿堂，俗称"百柱殿"，殿内供奉的五方佛像，法相庄严，是汉地少有的密宗轨制。大雄宝殿之后的甘露戒坛，系中国现存三大戒坛之一，坛之四周立柱斗拱和铺作间的24尊木雕飞天。