扎龙自然保护区占地4万平方公里，河道纵横，湖泊沼泽星罗棋布，湿地生态保持良好。每年四五月或八九月，约有二三百种野生珍禽云集于此，遮天蔽地，蔚为壮观。扎龙自然保护区以鹤著称于世，区内有丹顶鹤、白头鹤、白枕鹤、蓑羽鹤、白鹤和灰鹤等。。

保护区的水源有乌裕尔河、双阳河、新嫩江运河、“八一”幸福运河；其中乌裕尔河为形成和维持保护区湿地生态系统的主导因素。乌裕尔河流域年降水量差异较大，上游年均降水550～600毫米，下游地区为400毫米左右，下游年需水量16.6×108立方米，其中天然降水为6.6×108立方米，新嫩江运河补水7×108立方米，北部引嫩和乌裕尔河来水量为3×108立方米。

保护区地处中纬度地带，属于中温带大陆性季风气候。年平均气温3.5℃。冷月1月，平均气温-19.2℃，极端低气温-39.5℃。热月7月，平均气温22.8℃，极端高气温39.9℃。年蒸发量1506.2毫米；年均相对湿度62%。

保护区由乌裕尔河下游流域一大片季节性淡水沼泽地和无数小型浅水湖泊组成，沼泽地水深0.75米，湖泊水深达5米。湿地的周围是草地、农田和人工鱼塘，每年共有6种鹤类在此繁殖和停歇，占世界鹤类种类的40%，保护区河道纵横，湖泊沼泽星罗棋布，湿地生态保持良好。保护区内具有高等植物468种，隶属于67科，草本植物占绝大多数。本区无特有种，除世界种及大陆广泛分布种外，蒙古植物区系成分占15.2%；达乌里植物区系成分占14.5%；满洲植物区系成分占12.7%；华北植物区系占4.1%。根据扎龙地区植被的建群种、地形地势、水分条件、群落的结构与外貌、土壤种类等生物与非生物因子，可将该区植被分为4个类型。